Начинать поиск с папки рядом с программой неправильно в любом случае вне зависимости от операционки. Windows позволяет это делать для совместимости с досом, но категорически не рекомендует так делать!
Для хранения данных программы в windows есть реестр и несколько специально отведенных папок, например ApplicationData, ProgrammData и т.д.
а в чем проблемато? насколько я понимаю поиск в каталогах пользователя типа home требуется для поддержки многопользовательскости, если етого ненужно то невижу никакой беды в этом.
я пишу проги на винду тоже, и мне для простоты использования неохота заниматься связями с реестром и пользовательскими настройками если я могу прекрасно обойтись без этого. а возможность обойтись без установки программы и обойтись простым ее копированием я весьма ценю. так что претензии против примитивизма DOSа мне както неукладываются. если его хватает для повседневного пользования то зачем отбрасывать? а если вы уж затачиваетесь под многопользовательскость, то какие проблемы явно запользовать пользовательские папки.
кстати по моему опыту работы в bash, поиск файла он вел таки сначала в текущей папке, а папку ~home надо было указывать явно.