ну в общем я в поисках =)
под вендой использую
http://sourceforge.net/projects/winmerge/
крайне доволен ,
сравнивает, сливает ну больше и не знаю =)
сейчас использую под линукс
http://sourceforge.net/projects/tkdiff/
растраивает нестандартным взглядом на изменение файлов
(иногда есть необходимость править при просмотре)
не хочет у меня запоминать настройки сравнений
ну и вообще не радостно выглядит =)