Как выяснилось, обе утилиты напрочь не приспособлены к работе с русским языком. То есть - совершенно. Оба проекта открытые (fpdoc — часть Free Pascal), соответственно, их можно взять и поправить.
Думаю, не совру, если пообещаю со стороны коллектива FreePascal.ru всяческую поддержку и помощь в меру наших скромных возможностей.
fpdoc распространяется вместе с FPC, и исходники тоже.
<a href='http://www.freepascal.org/' target='_blank'>Официальный сайт Free Pascal</a>
<a href='http://sourceforge.net/projects/freepascal/' target='_blank'>Free Pascal на SourceForge</a>
<a href='http://sourceforge.net/projects/pasdoc/' target='_blank'>PasDoc на SourceForge</a>