SunFreeXНу, понятно.
Нет, каждая программа должна заботиться о себе сама в плане собственной конфигурации. Что-то она получает автоматом от системы, но если есть какие-то специфические настройки, то, согласитесь, о специфике никто ничего знать не должен, кроме того объекта, кого эта специфика напрямую касается. Вот, к примеру, IDE Lazarus'а для каждого пользователя, от имени которого он запускается, создаёт в домашнем каталоге этого пользователя свой каталог конфигурации ($HOME/.lazarus для linux или %HOME%\Lazarus для Windows). Системе работа программы в в её лоне глубоко безразлична до тех пор, пока программа не начинает делать внутри неё какие-нибудь гадости.
Исходя из этого, программист должен сам позаботится о комфорте работы программы, основываясь только на том фундаменте, который предоставляет ему ОС.