Может я чего не понял. В чем проблема не вижу. Если глубина дерева 3, то и создаешь три таблицы. Будет глубина 5, создай пять таблиц. Первая для хранения "Элемент 1" вторая для хранения "Элемент 1.1" третья для хранения "Элемент 1.1.1". Вяжешь их реляционными связями. Все! Сортируешь как хочешь. С плеча, с бедра, с колена. Пусть SQL сервер напрягается. Значения втоиричных ключей меняешь как у юзверя левая ного вздрогнет. Пофиг ваще!
Или я не понял задачу?